「手付金保証業務」と「手付金保管業務」の２つの制度があります。手付金保証業務は、流通機構に登録している媒介物件について、買主が支払った手付金に「手付金保証付証明書」を発行することにより、債務保証をする制度です。これにより、買主を保護するとともに媒介業者の業務を支援します。

売買契約がその効力を失ったにもかかわらず、売主が手付金を買主に返還しない場合に保証協会が規定額を保証する制度です。保証申請は手数料無料で、安全・確実な取引を確保します。

会員が売主である完成物件の売買契約において、売買代金の1割又は1,000万円を超える手付金等の授受については、保全措置が宅地建物取引業法で義務づけられています。保証協会は国土交通大臣の指定を受け、指定保管機関として保管事業を実施しており、取引の安全に努めています。

宅建業法では、営業保証金制度に代わる弁済業務保証金制度（第64条）も定めています。保証協会に加入すると営業保証金の供託が免除され、保証協会に弁済業務保証金分担金を預ければ開業できる制度です。その金額は、弁済業務保証金分担金として主たる事務所60万円、従たる事務所30万円です。高額な資金を用意せずとも、だれでもが開業をめざせるという大きなメリットになっています。